COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.886219
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.809560
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.731153
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.645796
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.712138
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.830718
2021-01-23 17:00:00 15.232121 15.232121 15.993267

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 6.463676
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 5.936983
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 5.590790
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 5.389569
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 5.218927
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 5.262959
2021-01-23 17:00:00 4.139352 4.139352 5.298862

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.657056 18.146146
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 18.460283
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 18.381123
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 18.430174
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 18.446451
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 18.447269
2021-01-23 17:00:00 12.016293 18.641390 18.838517

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 10.885098
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 10.893711
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 11.009942
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 10.954222
2021-01-25 17:00:00 24.909747 9.212283 11.143959
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 11.448986
2021-01-23 17:00:00 14.607558 9.465843 11.555320

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.757325
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.416474
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 13.142831
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 13.252868
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.451187
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 13.168240
2021-01-23 17:00:00 10.037532 10.037532 12.936674

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 31.015263
2021-01-28 17:00:00 17.187500 30.936659 30.853295
2021-01-27 17:00:00 23.868632 31.975692 30.381163
2021-01-26 17:00:00 32.021928 32.021928 30.098912
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 29.716410
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 29.590256
2021-01-23 17:00:00 33.710757 33.710757 29.728225

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 19.476630
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 19.346558
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 19.250213
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 18.546003
2021-01-25 17:00:00 19.977925 58.609272 18.257571
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 17.994140
2021-01-23 17:00:00 17.207299 17.207299 18.146268

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 7.017027
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.740868 7.058892
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 7.098477
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 7.115646
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.370530 7.350338
2021-01-24 17:00:00 8.335307 6.502463 7.576229
2021-01-23 17:00:00 7.986453 7.986453 7.738953

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 10.897928
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.982964 10.847202
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.893693
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.716878
2021-01-25 17:00:00 14.682184 10.455058 10.949914
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 11.083835
2021-01-23 17:00:00 12.427023 12.427023 11.255233

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 21.557564
2021-01-28 17:00:00 23.845731 23.845731 21.637107
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 21.579458
2021-01-26 17:00:00 28.107861 14.180309 21.534020
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 21.561865
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 21.594542
2021-01-23 17:00:00 21.044694 21.044694 21.751946

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 13.439636
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 13.179820
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 12.717678
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 12.608988
2021-01-25 17:00:00 10.741139 21.858217 12.374746
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 12.119634
2021-01-23 17:00:00 9.026830 9.026830 11.906961

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 8.804887
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.657973
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.448968
2021-01-26 17:00:00 3.398058 3.398058 8.275284
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 8.231418
2021-01-24 17:00:00 10.334347 10.334347 8.281838
2021-01-23 17:00:00 6.906475 6.906475 8.386292

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 88.321830
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 86.750218
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 85.526039
2021-01-26 17:00:00 157.464789 157.464789 86.209892
2021-01-25 17:00:00 56.980057 150.712251 84.445409
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 81.118288
2021-01-23 17:00:00 73.600000 73.600000 79.794813

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 131.196581 131.196581 NaN
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 NaN
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 NaN
2021-01-26 17:00:00 39.949109 39.949109 NaN
2021-01-25 17:00:00 29.090909 155.909091 NaN
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 NaN
2021-01-23 17:00:00 62.866450 62.866450 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 16.547648
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 16.521611
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.518584
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.304253
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.322778
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 16.428968
2021-01-23 17:00:00 16.230823 16.230823 16.371153

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 30.238688
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 30.868947
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 31.035633
2021-01-26 17:00:00 19.046708 26.260227 30.793810
2021-01-25 17:00:00 19.049881 48.479810 30.709474
2021-01-24 17:00:00 68.781543 68.781543 30.387070
2021-01-23 17:00:00 28.408775 28.408775 30.149176

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 8.190561
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 7.968764
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.829587
2021-01-26 17:00:00 5.086620 5.086620 7.639576
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 7.734598
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 7.649453
2021-01-23 17:00:00 8.451327 8.451327 7.596476

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 16.407044
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.781307
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.342420
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 18.069657
2021-01-25 17:00:00 16.993088 14.992377 18.571056
2021-01-24 17:00:00 20.212520 14.988010 19.266801
2021-01-23 17:00:00 20.241217 20.241217 20.241606

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 8.878337
2021-01-28 17:00:00 8.790586 10.691499 8.878007
2021-01-27 17:00:00 7.273254 8.759379 8.836411
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.704233
2021-01-25 17:00:00 13.422392 13.422392 8.754294
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.716208
2021-01-23 17:00:00 8.525988 8.525988 8.688808

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 23.959914
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 23.819519
2021-01-27 17:00:00 23.029967 23.424495 23.685882
2021-01-26 17:00:00 18.771331 18.771331 23.393562
2021-01-25 17:00:00 38.150289 22.683320 22.681198
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 22.190503
2021-01-23 17:00:00 28.400342 28.400342 21.835541

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 12.640708
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 13.530118
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 13.879012
2021-01-26 17:00:00 1.941748 1.941748 14.456537
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 14.900162
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 15.851245
2021-01-23 17:00:00 10.416667 10.416667 17.076539

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 32.742906
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 32.836240
2021-01-27 17:00:00 57.071070 34.926212 33.339968
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 33.455272
2021-01-25 17:00:00 37.694484 34.838370 34.258416
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 35.407886
2021-01-23 17:00:00 35.129604 35.129604 37.047361

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 16.333333 16.333333 6.463676
Basilicata 8.211679 13.657056 18.146146
Calabria 12.383749 12.383749 10.885098
Campania 19.174282 19.174282 13.757325
Emilia-Romagna 30.555556 30.555556 31.015263
Friuli Venezia Giulia 19.985648 19.985648 19.476630
Lazio 6.823128 6.823128 7.017027
Liguria 11.699550 11.699550 10.897928
Lombardia 21.719250 21.719250 21.557564
Marche 11.845466 11.845466 13.439636
Molise 10.690122 10.690122 8.804887
P.A. Bolzano 94.551282 94.551282 88.321830
P.A. Trento 131.196581 131.196581 NaN
Piemonte 18.898899 18.898899 16.547648
Puglia 21.548075 21.548075 30.238688
Sardegna 9.191702 9.191702 8.190561
Sicilia 16.520826 16.520826 16.407044
Toscana 8.087134 8.087134 8.878337
Umbria 23.775727 23.775727 23.959914
Valle d'Aosta 14.545455 14.545455 12.640708
Veneto 37.826421 37.826421 32.742906

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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